L’organisation du mouvement des Maisons familiales rurales
Chaque Maison familiale est une association loi 1901 qui réunit des familles et des professionnels. Ses objectifs principaux sont de concourir à l'éducation, à la formation par alternance des adolescents et des adultes, à leur insertion professionnelle et de favoriser par là même un développement durable de leur territoire. Les Maisons familiales ont 
un projet précis qui leur donne un cadre d'actions.
L'association de base
Tous les membres de l'association, constitués en assemblée générale, élisent un conseil d'administration qui assure la gestion matérielle et morale de la Maison familiale rurale. Le conseil est responsable de son fonctionnement et de ses finances. Il est renouvelé, chaque année, à l'occasion de l'assemblée générale. Le conseil, nouvellement élu, désigne ensuite un bureau composé en moyenne de sept personnes. Ce bureau comprend au minimum un président, un trésorier et un secrétaire.
Le fonctionnement de l’association est réglé par des statuts types.
Les administrateurs sont responsables du fonctionnement de la Maison familiale même s'ils délèguent une partie de cette responsabilité opérationnelle au personnel salarié et notamment au directeur. L'association est engagée dans le développement de son territoire, à travers toute activité à caractère éducatif, social, familial.
Les parents sont invités à prendre des responsabilités au sein de l'association et à participer à l'éducation de leur enfant. L’engagement des parents est la pierre angulaire du mouvement.
Les formateurs ont un rôle d'enseignant, un rôle d'accompagnateur et d'animateur. Avec les autres personnels de l'établissement (directeur, maîtresse de maison, secrétaires…), ils aident chaque élève, apprenti ou stagiaire, à élaborer son parcours personnel et professionnel. Ils les suivent pendant l'alternance en entreprise.
430 associations « Maisons familiales rurales » sont réparties dans toute la France, y compris dans les départements d'Outre-mer.
Les Maisons familiales rurales en France
Les Maisons familiales rurales sont présentes sur tout le territoire avec des densités différentes suivant les régions. On utilise le plus souvent le terme de Maison familiale rurale pour désigner tous les établissements du mouvement mais il existe à l'origine trois types d'associations :
Les Maisons Familiales Rurales : Elles accueillent des jeunes à partir de 14 ans pour des formations par alternance ou par apprentissage, jusqu'au niveau CAP ou BAC. Ce sont des établissements à taille humaine, particulièrement adaptés pour les adolescents qui y retrouvent une ambiance conviviale, un climat familial où chacun est connu et reconnu. En général, les MFR accueillent les adolescents pour faciliter leur orientation (classes de 4e et 3e de l'enseignement agricole), accompagner leurs projets et assurer une première qualification (CAP, seconde professionnelle, Baccalauréat professionnel).
Les Instituts Ruraux : Créés pour permettre aux jeunes de changer de structure au cours de leurs études, ils sont spécialisés dans les formations de niveau Bac Professionnel, Bac Technonologique, BTSA, BTS…
Les Centres de Formation et de Promotion : Ils fonctionnent principalement dans le cadre de la formation continue, des contrats de professionnalisation ou de la VAE. Ils proposent des qualifications de techniciens, techniciens supérieurs ou des diplômes universitaires (licences professionnelles) en partenariat avec des universités après une première expérience professionnelle.
La frontière entre MFR, IREO et CFP est toutefois de plus en plus floue, les
Maisons familiales rurales ayant progressivement développé elles aussi des formations supérieures.
Si chaque Maison familiale est autonome, elle fait aussi partie d'un réseau de compétences. Des fédérations départementales, régionales et une Union nationale, basée à Paris, réunissent l'ensemble des associations.
Les fédérations départementales
Elles sont plus ou moins importantes selon le nombre de MFR dans le département. Elles assurent la représentation politique et administrative des Maisons au niveau du département. Elles font travailler ensemble et confortent les associations d'un même département ; elles suscitent et accompagnent la création de nouvelles associations.
Les fédérations régionales
Les fédérations régionales sont plus particulièrement responsables des relations avec les conseils régionaux pour les formations par apprentissage et la formation continue. Elles travaillent étroitement avec les fédérations départementales, pour renforcer la cohérence et la complémentarité dans le mouvement.
Le Centre national pédagogique des MFR
Les formateurs de Maisons familiales suivent une formation en cours d'emploi, de deux années, qui se déroule dans un Centre national pédagogique, près d'Orléans, spécialisé dans la pédagogie de l’alternance. Celui-ci organise également des sessions de perfectionnement.
L'Union nationale
Tête de pont de l'ensemble du réseau au niveau national et principale interlocutrice des partenaires extérieurs lorsqu'il s'agit de décisions ou de projets globaux, l'UNMFREO (Union nationale des Maisons familiales rurales d'éducation et d'orientation) est garante de la cohésion du mouvement.
Au niveau national, le conseil d'administration de l'Union des Maisons familiales rurales, présidé par Xavier Michelin, est constitué des représentants des associations. Une équipe de « permanents », basée à Paris et animée par Serge Cheval, directeur, met en œuvre les orientations du conseil. Elle est en relation avec les décideurs nationaux et travaille avec les associations pour les aider à réaliser leurs projets.